在歷次重大傳染性疾病醫療救治應急任務中，山東省公共衛生臨床中心前身均是山東省、濟南市的定點醫療機構，在2003年抗擊SARS、2005年防治禽流感、2009年防治甲型H1N1流感、防治H7N9禽流感、2010年發熱伴血小板減少綜合征病原學確定以及后來的MERS重癥患者搶救等工作中，出色地完成了黨和政府交辦的防控救治任務。在抗擊新冠肺炎疫情中，作為全省和濟南市新冠肺炎疫情防控工作醫療救治定點醫院，中心勇挑重擔、沖鋒在前，為維護廣大人民生命健康做出了突出貢獻，獲中共中央、國務院、中央軍委授予的“全國抗擊新冠肺炎疫情先進集體”和“全國先進基層黨組織”雙項榮譽。中心文明創建工作成效顯著，在全體干部職工辛勤付出和努力下，被命名為第六屆“全國文明單位”。
